Au lendemain de la chute du Mur de Berlin, les gouvernements français et allemand ont décidé conjointement de créer un centre franco-allemand de recherche en sciences sociales avec ouverture européenne. Fondé le 9 octobre 1992, le Centre a été placé, lors de son inauguration le 8 septembre 1994, sous le patronage de l’historien Marc Bloch (1886-1944). Le premier directeur en fut l’historien Etienne François (1992-1999), suivi par la philosophe Catherine Colliot-Thélène (2000-2005), puis par la politologue Pascale Laborier (2005-2010). La direction est assurée actuellement par l’historien Patrice Veit.
Le Centre Marc Bloch est un établissement sous tutelle du Ministère français des Affaires Etrangères et Européennes et du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche / Centre National de la Recherche Scientifique. Il a le statut d’« Unité mixte des instituts français de recherche à l’étranger » (UMIFRE n° 14 CNRS – MAEE). C’est aussi une unité de service et de recherche du CNRS (USR 3130). Depuis 2001, il bénéficie également d’un financement du Ministère fédéral allemand de l’Education et de la Recherche (Bundesministerium für Bildung und Forschung – BMBF). Un contrat de coopération le lie depuis janvier 2011 de façon privilégiée à l’Université Humboldt de Berlin et lui confère le statut d’institut « auprès » (An-Institut) de l’Université Humboldt.

Le Centre Marc Bloch est doté de différentes instances d’évaluation et de pilotage.
Institution de recherche et de formation à la recherche, le Centre Marc Bloch se caractérise par son interdisciplinarité et sa dimension franco-allemande.
La pratique interdisciplinaire est consubstantielle des projets, des axes de recherche comme des groupes de travail du Centre, qui réunit les différentes disciplines des sciences humaines et sociales.
La dimension franco-allemande est par ailleurs un enjeu essentiel, intellectuel et scientifique, et constitue le socle sur lequel s’élaborent des coopérations européennes plus larges, en particulier avec les pays d’Europe centrale et orientale. Elle s’incarne dans le recrutement des chercheurs et des doctorants, dans les groupes de travail et les projets du Centre ainsi que dans l’organisation de colloques et de conférences qui associent systématiquement des partenaires allemands et français.
Le Centre Marc Bloch joue en outre un rôle important de « passeur » et constitue un relais de premier plan dans la mise en réseaux des universités, des laboratoires et de leurs chercheurs.