Le Centre Marc Bloch est une institution de recherche et de formation à la recherche en sciences humaines et sociales. Ses groupes de travail réunissent des chercheurs et doctorants venus d'horizons disciplinaires et nationaux différents autour de sujets transversaux. Il s’attache à susciter la rencontre et la confrontation des traditions scientifiques allemandes et françaises à travers des projets concrets centrés sur un éventail large d’objets européens. Il organise ou co-organise des colloques, des journées d’études, des conférences auxquels sont invités des intervenants venant des universités ou des institutions de recherche françaises, allemandes mais aussi d’autres pays. Le Centre mène par ailleurs une politique active de projets sur appels d’offres et sur financements tiers, qui engagent des coopérations à plus long terme franco-allemandes et plus largement européennes.
Le Centre accorde une large place à la formation doctorale, accueillant des doctorants pour des séjours de durée variable. Il tient régulièrement un séminaire de recherche dans lequel sont présentés et discutés les travaux en cours. Il pilote des programmes de formation doctorale et organisent d’écoles d’été. Le Centre veille par ailleurs à la bonne insertion de ses doctorants et de ses chercheurs dans les divers instituts et centres de recherche berlinois. Les doctorants rattachés au Centre sont encadrés sous la forme de tutorats et sont également associés à la mise en œuvre de ses programmes et autres activités de recherche.
La recherche ainsi que la formation à la recherche s’organisent à l’intérieur du Centre dans des groupes de travail centrés sur des axes de recherche prioritaires.